Le sourire reviendra avec les succès en finale des Coupes de la Ligue et de France, mais Paris termine 8e en championnat. À la suite d’une erreur administrative (Laurent Fournier fut aligné alors qu’il était suspendu), le club frise l’élimination aux préliminaires de la Ligue des champions contre le Steaua Bucarest, mais se rattrape au retour (5-0) après une défaite sur tapis vert (3-0). Après le match retour, Leonardo quitte déjà le PSG pour rejoindre l’AC Milan.