Mientras Bayern ofreció a Müller un contrato profesional, el TSV solamente ofreció un contrato de aficionado de un año. El contrato de Helmut Schneider en realidad fue extendido, pero luego tuvo que abandonar el club. El caso del Bayern no fue diferente, y en 1906 se fusionaron con el Münchner Sportclub, no obstante ambas entidades tuvieron que ponerse de acuerdo en cuanto al tema de la identidad del club. En la temporada siguiente el Bayern se mantuvo una vez más en el segundo lugar detrás del Borussia Mönchengladbach. En 1967 el Bayern quedó en el sexto lugar de la liga, sin embargo, retuvo la Copa de Alemania. En la calificación se encontraron con el San Pauli, pero perdió 0:2. Desde ese momento comenzó un largo bajón deportivo en la asociación que incluso culminó con el descenso en la temporada 1954-55. Sin embargo, logran el ascenso al año siguiente. Sin embargo, consiguió repetir por tercer año consecutivo el primer puesto en la fase de grupos de la Liga de Campeones. En la final de copa derrotaron al Schalke 04 con un 2:1. Gerd Müller se llevaría esa temporada el premio al futbolista alemán del año.
En la edición 1962-63, logró vencer al Basilea XI de Suiza por 0:3 en los dieciseisavos de final. Tardó nueve años en volver a calar entre las masas, al volver la selección alemana triunfal del Copa Mundial de Fútbol de 1954 disputado en la vecina Suiza. Además, fue el goleador de la Copa Mundial de Fútbol de 1970 celebrada en México-. El fútbol alemán necesitó un tiempo para arrancar después de un periodo de necesidad y catástrofes. Después de aquello, vino un pequeño periodo de sequía. En 26 partidos, Müller anotó 32 goles. Müller posteriormente fue determinante en la consecución del campeonato y el posterior ascenso a la Bundesliga. Dichas estrellas representan los más de treinta títulos de Bundesliga ganadas por el club. El club se halla después de esto en una grave crisis económica que fue una de las principales causas de los malos resultados y el posterior descenso.
A consecuencia del terremoto del océano Índico de 2004, se creó el «FC Bayern – Hilfe e.V», una fundación que tiene como meta concentrar los compromisos financieros del club. La copa volvió a llevársela un club alemán, luego de que la temporada pasada el Borussia Dortmund lo consiguiera. Algunos de los que pasaron por la academia fueron Owen Hargreaves, Michael Rensing, Bastian Schweinsteiger, Philipp Lahm, Holger Badstuber y Thomas Müller. El equipo sub-19 es dirigido por el Michael Skibbe, mientras que Sebastián Geppert dirige al equipo sub-17. Fue la única vez en la historia de la Bundesliga que ambos clubes de Múnich finalizaban la liga ocupando los primeros tres puestos de la tabla. En su primera temporada de la Bundesliga el Bayern disputó el derbi ante el 1860 Múnich perdiendo con marcador de 0:1. Posteriormente en el partido de vuelta, el Bayern logró ganar 3:0, dándole el tercer lugar en la tabla. La temporada siguiente el Bayern nuevamente se consagraría campeón, esta vez liderando desde la primera hasta la última jornada, con 11 puntos de ventaja ante su perseguidor, el Colonia. Uno de los pocos puntos destacados de los años 1940 y 1950 para el club, fue ganar la Copa de Alemania.
Con este triunfo el Dortmund fue el primer equipo alemán en ganar la Champions League, ya que el Bayern Múnich la había ganado en tres oportunidades en la década de 1970, lo mismo que el Hamburgo en 1983; pero bajo el formato de «Copa de Europa». Hoy en día, el Bayern tiende a utilizar una equipación de tonos oscuros para cada temporada. Su primera equipación es de un tono de rojo muy vivo con elementos en blanco. La camiseta de la segunda equipación de los Rangers es blanca con detalles en azul y rojo. En los remates de las mangas aparecen los tres colores de la bandera italiana: verde, blanco y rojo. En el año 1986 juega la promoción para mantenerse en primera división y la gana luego de disputar un tercer partido de desempate frente al Fortuna Colonia, en ese partido el Dortmund se impuso por 8 a 0, en la eliminatoria de ida y vuelta habían empatado en el resultado global en tres goles. En Stuttgart, 68 000 espectadores vieron el nuevo triunfo del Bayern 4:0 ante el Hamburgo de Uwe Seeler, con goles de Müller (2), Ohlhauser y Brenninger. Ante 71 000 espectadores, «el toro» Roth, quien posteriormente se ganaría el apodo «Mr.
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